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Framablog : Labos pharmaceutiques : libre accès aux recherches ?

samedi 1 décembre 2012 à 17:00

Souvent accusés — non sans raison — de pousser à la surconsommation médicamenteuse en tirant un profit maximal de nos besoins en thérapies, les grands laboratoires pharmaceutiques gardent jalousement le secret de leurs données. Celles des recherches menant aux médicaments mis sur le marché, en particulier.

Cory Doctorow, nous fait part ici de ses convictions : suivant le principe récemment institué outre-Manche qui consiste à ouvrir les données de recherches financées par l’état, il considère que celles de l’industrie pharmaceutiques doivent être elles aussi ouvertes.

Découvrez pourquoi sous la plume d’un blogueur influent et avocat du libre et de l’open source (tous ses billets déjà traduits sur notre blog). Idéalisme et optimisme démesuré ou revendication légitime et combat à mener ? À vous d’en juger.

epSos.de - CC by

Pourquoi toutes les recherches pharmaceutiques devraient être en libre accès

Why all pharmaceutical research should be made open access

Cory Doctorow - 20 novembre - The Guardian
(Traduction Framalang : Slystone, Amine Brikci-N, goofy, peupleLa, Antoine, ga3lig)

Le gouvernement du Royaume-Uni veut que toute recherche financée par des fonds publics soit accessible — mais on devrait en exiger autant des industries pharmaceutiques.

Je déjeunais récemment avec le plus loyal défenseur du libre accès que vous puissiez rencontrer (je ne le nommerai pas, car ce serait grossier de lui attribuer des remarques fortuites sans sa permission). Nous parlions du projet de rendre obligatoire la publication libre et gratuite des recherches scientifiques financées par l’État. Aux États-Unis, il existe le Federal Public Research Act, et au Royaume-Uni il y a la déclaration du gouvernement de coalition selon laquelle la recherche financée par l’État devrait être disponible sans frais, sous une licence Creative Commons qui permette la copie illimitée.

Nous avons parlé de l’excellent nouveau livre de Ben Goldacre, intitulé Bad Pharma, dans lequel l’auteur documente le problème des « données manquantes » dans la recherche pharmaceutique (il dit que près de la moitié des essais cliniques réalisés par l’industrie pharmaceutique ne sont jamais publiés). Les essais non publiés sont, bien entendu, ceux qui montrent les nouveaux produits des labos pharmaceutiques sous un jour peu flatteur – ceux qui suggèrent que leurs médicaments ne sont pas très efficaces ou n’ont aucun effet, voire sont activement nocifs.

La pratique des industries qui consiste à éliminer les preuves scientifiques date de plusieurs décennies — et certains chercheurs indépendants le font également. Ce constat a conduit Goldacre à déclarer qu’aucune de nos connaissances en matière de médecine moderne ne peut être considérée comme valide, et il estime qu’il est urgent de contraindre les industries pharmaceutiques à publier toutes ces données laissées dans l’ombre, afin que les scientifiques puissent recalculer les résultats et déterminer ce qui fait vraiment effet.

J’ai mentionné tout cela à mon compagnon de déjeuner, en concluant par : « et c’est pourquoi toute la recherche pharmaceutique devrait être en libre accès ».

« Toute la recherche pharmaceutique financée par l’État, a-t-il rectifié, comme s’il corrigeait une erreur de calcul élémentaire. Si le public paie pour cela, il doit pouvoir la voir, mais si les entreprises pharmaceutiques veulent payer pour leur propre recherche, alors… »

Je savais d’où il tenait cette position. L’un des arguments les plus solides en faveur de l’accès au public des publications universitaires et scientifiques est celui de la « dette envers la population » : si le contribuable paie pour vos recherches, alors vos recherches doivent lui appartenir. C’est un bon argument, mais il n’est pas entièrement convaincant pour une raison. Il est vulnérable au contre-argument du « partenariat public/privé », qui dit: « ah, oui, mais pourquoi ne pas faire en sorte que le public bénéficie d’un retour sur investissement maximal en faisant payer très cher l’accès à la recherche financée par l’État et en renvoyant le profit au secteur de la recherche ? ». Je pense que cet argument est absurde, et c’est l’avis de la majorité des économistes qui se sont penchés sur la question.

La recherche sans entraves et librement accessible constitue un bien commun qui génère bien plus de valeur ajoutée au profit de tous que le profit rapide qu’on extorque des consommateurs en les faisant payer à l’entrée comme à la sortie. Cela s’est confirmé dans de multiples domaines, même si l’exemple-type est le succès massif des cartes géologiques des États-Unis librement disponibles, qui ont dégagé un profit tel qu’en comparaison, les bénéfices réalisés sur la vente des cartes d’État-major au Royaume-Uni semblent une misère.

Voilà pourquoi le travail de Goldacre est aussi important à ce point du débat. La raison pour laquelle on devrait exiger que les laboratoires pharmaceutiques publient leurs résultats, ce n’est pas qu’ils ont reçu des subventions sur fonds publics. C’est plutôt parce qu’ils demandent une certification de l’état qui garantisse que leurs produits sont propres à la consommation, et qu’ils demandent aux organismes de régulation d’autoriser les docteurs à rédiger des ordonnances prescrivant ces produits-là. Nous avons besoin qu’ils publient leurs recherches, même si cette action induit des pertes de profit, car sans cette recherche, nous ne pouvons pas savoir si ces produits sont propres à la consommation.

On emploie un argument analogue en faveur de l’utilisation de logiciels libres ou open source pour les applications dans l’industrie ou dans le domaine de la santé, comme le système OpenEyes conçu par le centre hospitalier d’ophtalmologie de Moorfields et d’autres institutions dans le monde, après l’effondrement du système électronique de suivi de santé de la National Health Service (NdT : le NHS est l’équivalent de la Sécurité Sociale). Ils n’ont pas préféré un système à accès libre à un système propriétaire pour des raisons idéologiques, mais plutôt pour des raisons qui sont avant tout pratiques. Aucun hôpital n’autoriserait jamais une société d’ingénierie à construire la nouvelle aile d’un hôpital en utilisant des méthodes propriétaires pour calculer la répartition du poids. Ils n’accepteraient pas une nouvelle aile dont les plans de construction seraient secrets, dont seul l’entrepreneur connaîtrait les emplacements des canalisations et des conduits de ventilation.

Il est certainement vrai que les sociétés d’ingénierie et les architectes pourraient gagner davantage si leurs méthodes étaient propriétaires. Mais on exige un accès ouvert, car on doit pouvoir entretenir les hôpitaux quels que soient les aléas que peut connaître toute société d’ingénierie, et parce qu’on veut la garantie que l’on obtient avec la possibilité de vérifier plusieurs fois les calculs de charge par nous-mêmes. Les systèmes informatiques qui sont utilisés dans les hôpitaux pour gérer les patients sont tout autant vitaux que l’emplacement des câbles ethernet dans les murs. Et donc Moorfields s’attend à ce qu’ils soient autant libres d’accès que les plans du bâtiment.

Et c’est pourquoi les grands labos pharmaceutiques doivent montrer leur travail. Sans tenir compte de ce qu’ils pourraient rapporter, leurs produits ne doivent pas être autorisés sur le marché sans cette exposition. Il est important de placer la recherche financée par l’état entre les mains du public, mais l’histoire de l’accès libre ne va pas s’arrêter là, elle ne fait que commencer.

Crédit photo : epSos.de (Creative Commons By)

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crowd42 : Améliorer l’intégration de Firefox dans Gnome 3

samedi 1 décembre 2012 à 15:39

Bien que les développeurs de la Fondation Mozilla font un travail remarquable, pour assurer une meilleure intégration de Firefox dans l’environnement de bureau Gnome, le faible nombre de feedback qu’ils reçoivent de la part des bêta-testeurs font que l’intégration n’est pas aussi réussi que dans Windows. Heureusement, on peut puiser dans les extensions et thèmes de Firefox pour résoudre ça.

Tout ce que vous avez à faire, c’est de installer les deux extensions et le thème qui composent la collection « GNOME 3 integration » :

Enjoy it ;)

source

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flattr this!

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Framablog : Que pensez-vous de ce reportage d'une école « Microsoft » à Issy-les-Moulineaux ?

samedi 1 décembre 2012 à 14:52

On m’a signalé ce reportage issu de la télé municipale d’Issy-les-Moulineaux, titré « L’école de demain est à Issy ! », et ainsi décrit sur son canal Dailymotion :

L’école des Chartreux est la seule école française à participer à un programme international initié par Microsoft sur l’école innovante. Elle devient ainsi l’acteur et le témoin d’une toute nouvelle façon d’apprendre en primaire. La mise en œuvre de ce système donne aux élèves isséens l’accès à des équipements et des techniques de communication qui font aujourd’hui définitivement partie de notre société. Le projet propose d’ailleurs aux enseignants plusieurs outils pour élaborer des approches pédagogiques totalement innovantes : tableau numérique interactif, tablettes PC individuelles, logiciels éducatifs spécifiques… De quoi habituer les jeunes d’Issy aux outils de demain.

Il s’agit donc de l’école des Chartreux qui, comme on peut le lire sur ce document, fait partie des « Microsoft Innovative Schools Program ». Exactement comme l’école Châteaudun d’Amiens dont j’avais démontré (et tenté de démonter) l’entrisme Microsoft dans un cinglant billet.

Tout y est en tout cas ici : le dynamisme enthousiaste du reporter, l’instituteur innovant et motivé, les témoignages d’élèves ravis, la caution de l’inspection académique, et le VRP Microsoft qui joue les experts pédagogiques es modernité (en l’occurrence, bien évidemment, mon ami Thierry de Vulpillières)



Je manque de temps pour en dire ce que je pense alors j’ai décidé de sous-traiter en faisant appel à votre légendaire sagacité dans les commentaires ;)

Parce que ce qui me choque avant tout dans ce projet ainsi présenté, c’est qu’il semble ne laisser aucune place au débat.

« Il faut être absolument moderne », disait Arthur Rimbaud…

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Cyrille BORNE : Kiwix

samedi 1 décembre 2012 à 14:08

Kiwix est un logiciel permettant de consulter hors-ligne Wikipedia ou autres contenus via un fichier compressé au format de fichier Zim. Pour créer un fichier zim il faut d'abord avoir une version statique de la source. Cela est possible en aspirant le site mais des fois ça ne suffit pas et la conversion n'est pas facile et c'est donc pour cela que le reste du billet est pour interpeller une communauté et je comprends qu'il puisse ne pas être compréhensible.

Ceci est un message de Kelson développeur de Kiwix

Dans la sphère des activités et services de ubuntu-fr, le wiki joue un grand rôle. Cependant, même si le travail accompli pour créer une documentation de qualité et *libre* est remarquable, cette documentation n'est pas re-distribuable. Il n'existe en effet pas de copie du site facilement utilisable (aspirer tout le site ne compte pas, c'est quand même vraiment "goret").
Heureusement, en France ce problème a un impact limité ; les français ont la chance d'avoir presque partout un accès au Web de qualité et bon marché. Ce n'est malheureusement pas le cas partout ; c'est même aux endroits où l'on a le plus besoin de Ubuntu (pour faire simple, dans lespays pauvres) que le problème est criant.
En fait, il est inexact de dire qu'il n'y a pas de documentation, Kiwix fourni une version de la documentation ubuntu-fr, mais elle date de 2009  démonstration en ligne. Il y a aussi une version plus récente pour Okawix, mais le logiciel est dans un état lamentable (en plus du format de fichier non-libre).
Kiwix est un logiciel multiplate-forme qui permet d'accéder a des contenus du Web, mais sans accès à Internet. C'est un logiciel pour le bureau, mais il tourne aussi en mode serveur et est à ce titre aussi installé sur des LANs. Il est en particulier utilisé par Wikimedia pour distribuer Wikipedia hors-ligne. Mais il l'est aussi par la communauté Ubuntu germanophone (qui elle a une version assez à jour).
Pour faire une nouvelle version du ZIM (le format de fichier qui stocke le site web) de ubuntu-fr il faudrait pouvoir avoir un export statique (fichier HTML, CSS, images, etc.) du wiki. En 2009, avait été codé un petit module pour faire cela correctement : dokukiwix.mandragor.org. Il faudrait le réinstaller, probablement changer 2-3 trucs, et le faire tourner. Dans le pire des cas proposer un dump SQL de la base (sans les infos sur les comptes) et un tgz des images permettrait à un volontaire de créer assez facilement un miroir pour faire ce dump statique.

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Alexandre LUCAZEAU : Installer ArchLinux sur un portable Acer 5720G avec lvm, grub2, systemd, journald etc…

samedi 1 décembre 2012 à 10:48

Cet article est un peu particulier, pour moi, car je faits rarement des rapports d’installation, je ne passe plus beaucoup de temps à essayer les distributions. Aujourd’hui j’ai tendance à préférer rester sur debian. Mais sur mon portable, la gestion de l’énergie et du wifi est chaotique : comprendre sur-chauffe et noyau qui laîche au démarrage 1 fois sur 2.
Il me fallait donc trouver une solution. L’idée à été de basculer sur un freebsd + ZFS. Mais là encore la gestion de l’énergie l’emportant. Cette machine doit être fabriquée avec un respect des standards terrible…. Donc j’ai essayé dessus, successivement fedora, suse. Toujours le même résultât. J’ai donc opté pour une ArchLinux. Comme la documentation pour réaliser cette installation était dispersée sur la toile, j’ai noté chacune de mes étapes.

Il s’agit de ma première installation d’ArchLinux. Il est donc possible que certaines façon ou choix, ne soit pas totalement dans la philosophie de la distribution.

L’article explique pas à pas, comment installer ArchLinux sur un Acer Aspire 5720G.
Le but de cette installation est d’utiliser lvm, systemd, journald, WindowMaker (le desktop de demain), mais aussi d’avoir un portable économe en énergie.

  1. Partitionnement
  2. On va utiliser lvm pour mettre le système. Seul le noyau sera sur une partition primaire.
    Pourquoi ? Le but est de pouvoir agrandir les partitions en fonction des besoins.
    Ainsi le disque est partitionné de la manière suivante :

    username@computername:$ /dev/sda1 => /boot en ext2 50Mo, type primaire.
    /dev/sda2 => extended de la taille du reste du disque
    /dev/sda5 => lvm

  3. Création du PhysicalGroup et du VolumeGroup

Il s’agit de créer un « disque lvm ».

username@computername:$ pvcreate /dev/sda5
username@computername:$ vgcreate portable /dev/sda5
username@computername:$ lvcreate -L 15G portable -n racine
lvcreate -L 4G portable -n tmp
lvcreate -L 4G portable -n swap_1
lvcreate -L 15G portable -n var
lvcreate -L 50G portable -n home

username@computername:$ mkfs -t ext2 /dev/sda1
mkfs -t ext4 -m1 /dev/portable/var
mkfs -t ext4 /dev/portable/racine
mkfs -t ext4 -m0 /dev/portable/tmp
mkfs -t xfs /dev/portable/home
mkswap /dev/portable/swap_1
username@computername:$ swapon /dev/portable/swap_1

  • Installation
  • username@computername:$ dhcpd eth0
    username@computername:$ mount /dev/portable/racine /mnt
    mkdir /mnt/{boot,home,var,tmp}
    mount /dev/sda1 /mnt/boot
    mount /dev/portable/var /mnt/var
    mount /dev/portable/tmp /mnt/tmp
    mount /dev/portable/home /mnt/home

    username@computername:$ pacstrap /mnt base base-devel vim grub-bios
    username@computername:$ genfstab -p /mnt >> /mnt/etc/fstab

  • Configuration
  • username@computername:$ arch-chroot /mnt
    username@computername:$ vi /etc/hostname

    le nom de ma machine est portable

    username@computername:$ vi /etc/hosts
    127.0.0.1 portable.kywyxy.net localhost.localdomain localhost portable
    username@computername:$ ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Paris /etc/localtime

    On décommente les lignes fr_FR dans le fichier :

    username@computername:$ vi /etc/locale.conf
    LANG="fr_FR.UTF-8"

    On génère les « locales »

    username@computername:$ locale-gen

    On édite le fichier /etc/vconsole.conf pour y mettre :

    username@computername:$ KEYMAP=fr_pc

  • Configuration du boot
  • username@computername:$ vi /etc/rc.conf
    USELVM="yes"

    Paramétrage de l’image :

    username@computername:$ vi /etc/mkinitcpio.conf
    MODULES="dm_mod ext4 xfs"
    HOOKS="base udev autodetect pata usb lvm2 sata"
    username@computername:$ mkinitcpio -p linux
    username@computername:$ grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
    vi /boot/grub/grub.cfg
    setroot=(portable-racine)

    Sur l’acer, le disque est relativement lent. Du coup la détection du lvm ne marche pas bien. Il faut ralentir la phase de boot en ajoutant la ligne suivante, dans la section du kernel du fichier grub.cfg:

    username@computername:$ lvmwait=/dev/mapper/portable-racine

    La ligne de chargement du noyau devient donc :

    username@computername:$ linux /vmlinuz-linux root=/dev/mapper/portable-racine lvmwait =/dev/mapper/portable-racine
    username@computername:$ grub-install --boot-directory=/boot --no-floppy --recheck /dev/sda

    Après toute modification dans le fichier de configuration de grub, faire un

    username@computername:$ grub-install /dev/sda

    pour prise en compte au prochain boot.

  • Wifi
  • username@computername:$ pacman -S wireless_tools wpa_supplicant
    username@computername:$ iwlist wlan0 scan
    username@computername:$ vi /etc/wpa_supplicant/wpa_supplicant.conf
    network={
    ssid="mon_reseau"
    psk="laclé"
    priority=5
    }
    username@computername:$ wpa_supplicant -i wlan0 -c /etc/wpa_supplicant.conf

    Mettre -B pour lancer la commande en mode daemon.

    username@computername:$ dhcpcd wlan0

  • Users
  • username@computername:$ useradd -m -G wheel,adm,storage,power,audio,video,optical,scanner,uucp,lp alexandre

  • Xorg
  • /

    username@computername:$ pacman -S --needed xorg-server xorg-inti xorg-server-utils ttf-dejavu xf86-video-ati

    Créer le fichier de configuration suivant :

    username@computername:$
    vi /etc/X11/xorg.conf.d/20-mouse.conf
    Section "InputClass"
    Identifier "middle button emulation class"
    MatchIsPointer "on"
    Option "Emulate3Buttons" "o"
    EndSection

  • Autres applis
  • username@computername:$ pacman -S openssh rsync ntp windowmaker dbus

  • Divers
  • username@computername:$ pacman -Qi *
    username@computername:$ systemctl enable lvm.service

    Fichier paramétrage :

    username@computername:$ /etc/systemd/system/lvm.service

  • autre
  • username@computername:$ pacman -Rsn initscripts
    pacman -S systemd-sysvcompat
    vi /boot/grub/grub.cfg
    Ajouter ini=/sbin/systemd à la lige du kernel

  • Gestion de l’énergie – laptop-mode
  • username@computername:$
    pacman -S laptop-mode-tools

    username@computername:$ systemctl start laptope-mode-tools.service
    username@computername:$ systemctl enable laptope-mode-tools.service

  • Gestion dynamique de la vitesse du cpu
  • username@computername:$ pacman -S cpupower
    username@computername:$ cpupower frequency-info

    Ce qui nous donne :

    username@computername:$ vi /etc/conf.d/cpupower
    username@computername:$ sytemctl start cpupower.service
    username@computername:$ systemctm enable cpupower.service
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