Pas de problème avec #nautilus pour ma part également. Que te donne nautilus -q, puis nautilus depuis un terminal ? As-tu des extensions à l'explorateur qui sont installées ? Ça peut être un conflit, une extension pas adaptée au nouveau nautilus, du coup ça plante.
J'ai gardé ma configuration clavier pour ma part, la configuration du clavier ayant été générée dans /etc/X11/xorg.conf.d/00-keyboard.conf. Pour éditer : Paramètres / Pays et langue / le bouton "Écran de connexion".