Il arrive que l'usage du disque soit différent de la taille des objets qui l'occupent et ce pour diverses raisons : "trous" dans les fichiers, fragmentation, blocs non contigus..

Pour afficher la taille apparente, utiliser l'option --apparent-size
"""
      --apparent-size
             print apparent sizes, rather than disk usage; although the apparent size is usually smaller, it may be larger due to holes in ('sparse') files, internal fragmentation, indirect blocks, and the like
"""
(Permalink)