Bon, comme alternative à CCleaner, on peut prendre Bleachbit : https://linuxfr.org/news/bleachbit-2-2-est-disponible (dispo sous Linux et Windows).

Il n’est pas aussi complet (pas du registre par contre), mais fait le nettoyage habituel.
Pour supprimer les applications, on pourra aller dans les paramètres de Windows, et pour les applications au démarrage, dans le gestionnaire des tâches (y a un onglet pour ça) ou dans MSConfig.exe.

Sinon, l’outil de nettoyage de disque de Windows est pas mal non plus, surtout quand on va sur « supprimer aussi les fichiers systèmes » (qui supprime les fichiers des anciennes install de Windows).

(Merci à Killou pour l’information !)

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